Ash, Pikachu und der Rest der Gang sehen ihre größte Herausforderung entgegen, als zwei hinterlistige Diebinnen den geheimnisvollsten und gefährlichsten aller Kristalle “Herztropfen” rauben wollen. Fällt er in ihre Hände, ist die Zerstörung der Wasserstadt Altomare unvermeidbar. Es beginnt ein atemberaubendes Rennen gegen die Zeit, bei dem die letzte Hoffnung auf Latios und Latias ruht, die als Hüter des Kristalls mit magischen Kräften ausgestattet sind.