Das Abenteuer beginnt, als das mächtige Pokémon Mewtu aus einem mysteriösen Labor flieht und es zerstört - Mewtu erfuhr nämlich, dass es aus dem genetischen Code von Mew, dem Urvater aller Pokémon, geschaffen wurde. Unter allen Umständen will Mewtu beweisen, dass es das stärkste Pokémon ist, das es je auf der Welt gab und ein Klon stärker sein kann als sein Original. Dafür erschafft es einen Turm mitten in der hohen See, entführt Schwester Joy, damit sie Ash, seine Freunde und andere starke Trainer herbeilocken kann, mit der Aufforderung, sich zu einem Turm mitten im Meer zu begeben und dort zu kämpfen. Natürlich will Team Rocket dabei sein und versucht ebenfalls, mit einem kleinen Wikingerschiff und verkleidet als Nordmänner mit den "Knirpsen" auf die Insel zu kommen. Dabei werden sie von einem Mew verfolgt, bemerken dies jedoch nicht. Auf der Insel geht inzwischen plötzlich ein Kampf los. Mewtu fängt die Pokémon der Trainer mit merkwürdigen, schwarzen Pokébällen ein und klont sie. Ash versucht tapfer, Pikachu vor den Bällen zu beschützen, die Mewtu wirft, um die Pokémon einzufangen und kann dabei auch seine anderen Pokémon aus einer Klonmaschine holen, doch alle sind bereits geklont worden. Jetzt beginnt ein Kampf zwischen echten Pokémon und Klonen, der auch andauert, als Mew erscheint und sich mit Mewtu duelliert. Ash hat irgendwann genug und wirft sich zwischen Mew und Mewtu, wobei er von den Attacken beider Pokémon getötet wird und zu Stein erstarrt. Pikachu bemerkt dies und versucht zuerst Ash mit Donnerschocks zu wecken. Es hilft nicht und Pikachu fängt an zu weinen. Alle anderen Pokémon beenden den Kampf und weinen mit. Dadurch erwacht Ash wieder zum neuem Leben, da Pokémon-Tränen der Legende nach heilende Wirkung haben. Mewtu hat inzwischen nachgedacht und begriffen und flieht mit Mew sowie seinen Pokémon-Klonen von der Insel, nicht ohne vorher das Gedächtnis aller zu löschen. Der Turm verschwindet und die Trainer werden wieder an ihren Anfangsstandort gebracht. Am Ende sieht Ash Mew wegfliegen.