Nur alle 1000 Jahre ist für einen Zeitraum von sieben Tagen der Millenium-komet am nächtlichen Himmel zu sehen. Gleichzeitig erwacht auch das legendäre Pokémon Jirachi aus seinem tausendjährigen Schlaf, um die Energie des Kometen in sich aufzunehmen. Diese Energie gibt es dann wieder an die Erde weiter, um den Ort Forina wachsen zu lassen. Dieses Mal aber hat ein Magier namens Butler gemeinsam mit seiner langjährigen Freundin Diane den Stein ausgegraben, in den Jirachi eingeschlossen war, und ihn aus Forina weggebracht. Schnell wird klar, was Butler plant: Er war früher Forscher im Team Magma und möchte das legendäre Pokemón Groudon wieder auferwecken. Butler hat das perfekte System entwickelt, konnte aber keine Energiequelle finden, die stark genug gewesen wäre, es in die Praxis umzusetzen. Deshalb hofft er, die von Jirachi aufgenommene Energie für seine Zwecke nutzen zu können. Als Butler dann aber seinen Plan in die Tat umsetzt, wird ein falscher Groudon geschaffen, der Forina in ein Ödland verwandelt und sofort beginnt, die Lebenskraft aller Lebewesen in seiner Nähe aufzusaugen. Können Jirachi und seine Freunde, die er bei diesem Abenteuer kennenlernt, den Magier aufhalten oder kommt es zu einer unausweichlichen Katastrophe?